《庆余年》第二季的剧情围绕着范闲回到庆国后发生的一系列故事展开。在第一季结尾，范闲被言冰云刺伤，第二季中他将与言冰云一起设计假死计划，成功脱身并进入监察院。范闲利用监察院的力量，广泛搜罗和查证二皇子的谋逆行为，并成功向庆帝禀报了二皇子的罪行，导致二皇子被废除“皇子”身份，贬为庶民，并被赶出京都。此外，第二季还会涉及春闱科考、范闲的婚礼与权力之路、范思辙的过错以及浮空庙的刺杀事件等情节。

在情感方面，范闲与林婉儿的感情线得以保留，并且海棠朵朵对范闲的影响也相当大。范闲在第一季中被刺杀的情节导致他与林婉儿的婚礼可能将会延期。

大东山之战是第二季的重大悬念之一，庆帝在庆庙的祭祀中表明了自己大宗师的身份，并重创苦荷与四顾剑，使得东夷城不得不归顺庆国。长公主与二皇子所策划的叛乱在叶家倒戈、范闲与大皇子成功击退叛军后被彻底瓦解。